AI全新蛋白质药物设计平台ProteinForge发布：从零设计自然界不存在的治疗性蛋白质

AI全新蛋白质药物设计平台ProteinForge发布：从零设计自然界不存在的治疗性蛋白质

2030年7月11日，诺贝尔化学奖得主David Baker的实验室与微软研究院联合发布了ProteinForge蛋白质药物设计平台。该平台首次实现了完全从零设计自然界中不存在的治疗性蛋白质——不是改造已有的蛋白质，而是根据目标功能「凭空」创造全新的蛋白质结构。

ProteinForge的技术核心是「功能驱动的逆向设计」——用户首先定义目标蛋白质需要具备的功能（例如「特异性结合PD-L1蛋白并阻断其与PD-1的相互作用」），系统随后生成满足该功能约束的所有可能的蛋白质三维结构，并使用分子动力学模拟评估每个结构的稳定性、可溶性和免疫原性。

在演示中，ProteinForge仅用4小时就设计出了一个全新的抗PD-L1纳米抗体，其结合亲和力比已上市的同类药物高出3.7倍。更关键的是，该纳米抗体的序列与自然界中任何已知蛋白质的相似度都低于15%，这意味着它不太可能触发预存免疫反应。

「传统的药物发现是大海捞针——从自然界已有的分子中筛选，」Baker表示，「ProteinForge是画出你想要的针，然后直接制造它。」

首批3个由ProteinForge设计的蛋白质药物已进入临床前研究阶段：一个针对KRAS突变的降解剂（用于治疗胰腺癌）、一个通用流感病毒中和抗体、和一个能够穿越血脑屏障的神经营养因子。

该平台的云端版本对学术机构免费开放，企业用户需支付年费25万美元。已有14家制药公司注册使用。

不过，全新设计的蛋白质可能存在长期安全性未知的风险——它们在自然界中从未存在过，人体对它们的长期反应尚不可预测。FDA已要求对ProteinForge设计的药物进行额外的长期毒性评估。